体检发现肿瘤标志物阳性，可能是恶性肿瘤，也可能不是。若要确诊，还需要进一步用CT、B超等方法检查。肿瘤标志物只是肿瘤的辅助诊断指标。目前，由于特异性，100%的肿瘤标志物仍然没有找到，每种肿瘤标志物都有一定的假阳性。引起假阳性的因素有：在良性疾病时，如炎症性疾病会使一些肿瘤标志表达增加。肝脏良性疾病，AFP、糖链抗原（CA19-9)、CEA和肿瘤多肽抗原（TPA）、肾衰竭的ß2-微球蛋白（ß2-MG）及糖链抗原（CA15-3）、CA19-9、CEA和PSA水平均会升高。‚有一些生理变化，如妊娠时AFP、CA125、人绒毛膜促性腺激素（hCG)也会升高。ƒ风湿病时CA19-9浓度可曾高。

另外，临床发现屡次进行直肠检查后，PSA和前列腺酸性磷酸酶（PAP)值可升高，因此采血前不应进行直肠检查。以CEA普查结肠癌为例，由于发病率和灵敏度的影响，每10万人在假阳性人数高达4998人，而检查出的结肠癌患者只有26人。显然，肿瘤标志物不适宜对无症状的人群进行普查。当然，有些肿瘤标志物确实可考虑用于高危人群的普查，如在乙肝表面抗原（HBsAg）携带者和肝硬化病人中检测AFP,在疑似绒毛膜上皮细胞癌的患者中测定hCG,在甲状腺髓样癌易感家族中检测降钙素等。